Via diverse commissies (opleidingscommissie, wetenschapscommissie, toetsingscommissie) en vertegenwoordigingen in overlegorganen (NVMM, LVAG, het Concilium Microbiologicum, de Landelijke Begeleidingscommissie Toetsing Medische Microbiologie van de NVMM, moderniseringscommissie) probeert de NVAMM de opleiding tot arts-microbioloog positief te beinvloeden en de belangen van de AIOS Medische Microbiologie te behartigen.